La Misión para el Fortalecimiento del Sistema de Ciudades se desarrolló durante los años 2012 y 2013. Durante el primer año se encargaron doce estudios enfocados a definir lineamientos para  las políticas públicas nacionales dirigidas al incremento de ingresos, procura de un menor costo de vida y mayor movilidad laboral, en el  sistema de ciudades colombiano: productividad, costo de vida, institucionalidad y financiación. Como complemento, durante el segundo año se desarrollaron nuevos estudios referidos a calidad de vida, requerimientos de inversión en infraestructura y conectividad digital. 

El sistema de ciudades en Colombia está compuesto por 58 ciudades aglomeradas y uninodales con funciones económicas, político-administrativas y de prestación de servicios fundamentales para sus regiones y para el país. De los resultados de la Misión, se derivó la política nacional para fortalecer el sistema de ciudades (CONPES 3819), que busca establecer un marco de largo plazo para orientar, articular y hacer más eficientes a los propósitos de desarrollo, las actuaciones de las entidades nacionales en las ciudades y regiones del país, en concordancia con las condiciones específicas de cada lugar y con las políticas de las entidades territoriales.

La Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económico (OCDE) realizó una evaluación integral de la política urbana de Colombia y su incidencia en sectores como el transporte, la vivienda, el uso del suelo y la digitalización, entre otros. La actualización de la política urbana, el plan Ciudades 4.0, se hará con base en este Estudio de la Politica National Urbana de Colombia, con el acompañamiento del Ministerio de Vivienda, Ciudad y Territorio. El diseño de la nueva política propone un replanteamiento sobre las áreas urbanas, incorporando sectores de manera conjunta.